Można wymienić wiele przyczyn powstawania aft, wśród których najczęstszymi są: predyspozycje genetyczne, długotrwały stres, brak odpowiedniej higieny jamy ustnej, niezdrowa dieta, alergie pokarmowe, niedobór różnych witamin i minerałów, zaburzenia autoimmunologiczne czy też zaburzenia hormonalne. Nawracające nadżerki mogą być również związane z borykaniem się z poważniejszymi chorobami, jak m.in. celiakii, syndrom Behceta, choroba refluksowa i choroba Leśniowskiego-Crohna. Z tych powodów nie powinno się lekceważyć aft, zwłaszcza gdy stanowią szczególnie uciążliwy i nawracający problem. W takim wypadku należy koniecznie udać się do specjalisty, który jest w stanie zdiagnozować źródło problemu i zalecić zastosowanie odpowiedniej metody leczenia.
Bezpośrednią przyczyną powstawania pleśniawek jest zakażenie drożdżakiem z grupy Candida. Najczęściej dochodzi do niego u niemowląt i małych dzieci, jako że nie mają jeszcze całkowicie rozwiniętego układu immunologicznego, przez co znajdują się w gronie zwiększonego ryzyka. Do nadmiernego wzrostu drożdżaka z grupy Candida (najczęściej Candida albicans) może dojść u dzieci w wyniku przebytej u matki w czasie porodu lub ciąży drożdżycy pochwy i karmienia zainfekowaną piersią. Pleśniawki u najmłodszych mogą również wystąpić z powodu brania do ust brudnych przedmiotów, braku higieny jamy ustnej (powinna być wykonywana już od pierwszych dni życia dziecka) czy leczenia antybiotykami. Mimo że pleśniawki są kojarzone głównie z wiekiem niemowlęcym, to dolegliwość ta może dotyczyć także starszych dzieci i dorosłych. Do tej infekcji grzybiczej może dojść u osób, które: z różnych powodów mają obniżoną odporność, zaraziły się nią od kogoś innego, przyjmują antybiotyki, nie dbają systematycznie i prawidłowo o higienę jamy ustnej czy zmagają się z chorobą zapalną jelit. Przyczyny powstawania aft i pleśniawek pokazują, że w wielu przypadkach można im zapobiegać lub minimalizować ryzyko ich występowania, odpowiednio dbając o higienę jamy ustnej, regularnie umawiając się na przeglądy dentystyczne czy też przestrzegając zasad zdrowej diety.