Negatywne skutki spowodowane nieprawidłową higieną jamy ustnej lub całkowitym jej brakiem można przede wszystkim zauważyć w stanie uzębienia oraz dziąseł. Do najczęściej pojawiających się problemów należą: powstawanie kamienia nazębnego, ubytki próchnicowe oraz choroby dziąseł. Nieleczone mogą przerodzić się w dużo poważniejsze i trudniejsze do wyleczenia dolegliwości, jak choćby zapalenie przyzębia czy utrata zębów. Niedbanie o higienę jamy ustnej przekłada się również na złe samopoczucie pacjentów spowodowane nieświeżym oddechem oraz nieestetycznym uśmiechem. Zdarza się również, że nieprawidłowa higiena jamy ustnej przyczynia się do powstawania aft, pleśniawek i innych zmian w błonie śluzowej.

Brak higieny jamy ustnej niesie negatywne skutki nie tylko w jej obrębie, ale również dla całego organizmu człowieka. U osób niedbających o higienę jamy ustnej istnieje zwiększone ryzyko zachorowania w przyszłości na chorobę Alzheimera. Nieleczona próchnica i inne choroby zębów przyspieszają lub nawet powodują osłabienie funkcji poznawczych człowieka ze sprawą przenikających się do mózgu bakterii. Współczesne badania wykazują także, że brak higieny jamy ustnej nie pozostaje bez wpływu na zachorowania na cukrzycę, zwłaszcza w przypadku osób znajdujących się w grupie zwiększonego ryzyka. W przypadku nieprzestrzegania codziennej higieny jamy ustnej szczególnie narażonymi narządami są również serce oraz żołądek. Próchnica i inne bakterie występujące w obrębie jamy ustnej przedostają się do krwiobiegu, skąd mogą dostać się do serca, przyczyniając się do jego różnych chorób (w tym również zawału). Dla żołądka szczególnie szkodliwe jest zapalenie przyzębia ze względu na zwiększone ryzyko pojawienia się w obrębie jamy ustnej bakterii powodującej chorobę wrzodową oraz zapalenie błony śluzowej żołądka.

Badania przeprowadzone przez japońskich naukowców udowodniły także niekorzystny wpływ złego stanu uzębienia i jamy ustnej w ogóle na zwiększone ryzyko zachorowań na niektóre nowotwory (np. raka przełyku, raka płuc, raka jelita grubego czy raka trzustki). Codzienne dbanie o higienę jamy ustnej jest ważne nie tylko dla zdrowia wyłącznie jej obrębu, ale również dla profilaktyki różnego rodzaju chorób.

Prawidłowa higiena jamy ustnej oraz regularne wizyty u lekarza stomatologa są szczególnie ważne dla kobiet w ciąży. Zły stan uzębienia może wpłynąć na niską wagę urodzeniową dziecka, a w niektórych sytuacjach może również doprowadzić do przedwczesnego porodu. Uważa się, że nieleczona próchnica u matki może skutkować podobnymi problemami zdrowotnymi we wczesnym etapie rozwoju dziecka. Dlatego też przyszłe matki powinny szczególnie zadbać o prawidłowe i systematyczne mycie zębów oraz częste przeglądy dentystyczne. Warto także wiedzieć, że kobiety w czasie ciąży są bardziej narażone na zmiany próchnicowe oraz inne schorzenia występujące w obrębie całej jamy ustnej, a ich nieleczenie może niekorzystnie wpływać na prawidłowy rozwój dziecka.